Use shadowsocks(ss) in Linux(Centos) Engineers or technicians especially from mainland China usually encounter the Internet problem (blocked). Many tools and methods have beed used to search the I...

It’s an interesting simple algorithm for understanding list comprehension in python3. Here we got a matrix below, how can we get transposed matrix without any API methods or functions? matrix = [...

Function annotations is newly introduced in python 3.X. According to official document, it’s completely optional metadata information about the types used by user-defined functions (see PEP 3107 an...

There are many tools used for converting files from fastq to fasta. But it’s somewhat not so easy when I want do reverse convertion because of the absence of qulity score in fasta file. I just wan...

Select genotypes from multi samples We got a vcf file named as trio.vcf containing 3 samples for a trio family for genetic analysis: \# ... \# ... \# ... \#CHROM POS ID REF ALT Q...

If align two PE fatsq, it is simple to do that bwa mem ref.fa r1.fq r2.fq > mem-pe.sam. But in GATK Best Practice pipeline, there is -p parameter in bwa command. According to official descriptio...

说自己精通GATK？？？不存在的，GATK绝对是一个巨大的宝库，需要长时间去了解它，尤其是精准医疗领域，毕竟是金标准，能用GATK的绝不用其他的，能改GATK的，绝不改其他的，我就是这么封建迷信，哈哈！ 所以没事刷一刷官网还是很有必要的，比如，官网提出未来会有一个DRAGEN-GATK,按照官方陈述，这并不是GATK5的别称，而是BROAD研究所和illumina团队共同主持的一个项目，旨...

在得到下机fq文件以后，大家第一步是怎么进行往下处理数据的呢？除了QC以后，貌似基本上就是需要将fq文件进行比对了，这也是很常见的第一个步骤。 本人是严格按照官方方式进行流程开发，然而在GATK官方的Best Practice里面发现，官方的流程的起点并不是fq文件，而是ubam文件。如果是fq下机，则需要多一步转换成ubam文件，以及合并比对结果的步骤 这里官方论坛就有一个人对这个问题...

到底什么是正链、负链、正义链、负义链、编码链、模板链？？？ 作为非生物科班出身的人来说，这个东西我反正记得从研究生开始，也就是快十年前的时候就在纠结了，每次不清楚的时候就查一下，觉得已经搞清楚了，可是过不久又一脸懵逼了，然后又查，然后又忘，周而复始，直至今日。 相信也有很多人有跟我类似的情况，比如这篇公众号文章就很好的总结了下这个问题点我查看 不过趁着现在自己有博客了，不至于那么懒了，可...

这是一篇实际操作，解决问题的长文，没耐心者请直接跳过！！！ 声明！此类对服务器的操作都及其危险，此文仅供参考、学习，任何人因此造成的后果一律与我无关！ 声明！此类对服务器的操作都及其危险，此文仅供参考、学习，任何人因此造成的后果一律与我无关！ 声明！此类对服务器的操作都及其危险，此文仅供参考、学习，任何人因此造成的后果一律与我无关！ 可能有人觉得不就是把硬盘插进去，然后格式化下就完了吗！...