正链负链正义链负义链分不清？
到底什么是正链、负链、正义链、负义链、编码链、模板链？？？ 作为非生物科班出身的人来说，这个东西我反正记得从研究生开始，也就是快十年前的时候就在纠结了，每次不清楚的时候就查一下，觉得已经搞清楚了，可是过不久又一脸懵逼了，然后又查，然后又忘，周而复始，直至今日。
相信也有很多人有跟我类似的情况，比如这篇公众号文章就很好的总结了下这个问题点我查看
不过趁着现在自己有博客了，不至于那么懒了，可以自己记录些东西了，这里就简单写点自己的理解吧
尝试用英文去理解，摒弃中文
我的建议就是将这些名字的英文记下来去理解更加深刻，中文的这些名字就跟绕口令一样，时间久了很容易把自己就绕进去。就像碱基的ATGC，我一直觉得就应该直接把他们英文给记下来，不要去记什么什么嘧啶，嘌呤，中文只会给自己徒增烦恼，很不专业。另外20种氨基酸也是，虽然这些我基本上都没做到，但是未来一定要努力去做到！ 好了，废话不多说
- 正链 forward strand, plus strand
- 负链 reverse strand, minus strand
- 正义链 sense strand
- 负义链 antisense strand
- 编码链 coding strand
- 模板链 template strand
下面我们重新用英文方式再次理解一遍，就会发现，我们全部用英文去理解的话一定要比中文顺畅多了
我们看这个图，DNA因为有两条strand，所以我们定义上面那一条是forward strand，下面这一条是reverse strand. 但是对于gene而言，它在两条链上都存在着信息，方向也都不一致，有些在所谓的forward strand，有些在reverse strand。
首先我们下载的hg19，grch38等参考基因组就是所谓的forward strand,同理，和参考基因组互补的那条链就是reverse strand,当然也可称他们分别为plus和minus strand. forward和reverse strand都是人为规定的，本身不具有生物学意义，只是表达方向的一种形式而已。我们下载其他注入基因注释，bed文件的时候，表示方向的+,-号就是代表着方向，也就是forward和reverse strand
那么除了人为规定的，还有生物学意义上的规定，所以用英文去理解就很好理解，毕竟sense和antisense一眼就能看出来跟意义有关，sense strand就是有义链，正义链，sense strand储存着基因的信息，所以它有sense，所以sense strand携带的信息，就应该跟转录生成的rna的信息一样，所以sense strand就是coding strand，跟转录出来的RNA序列一致的DNA链就是sense strand, 同理反推，antisense strand就是生成rna时依赖的template strand,跟RNA聚合酶结合的strand就是antisense strand,template strand, 所以antisense strand = template strand
所以这么去理解的话，非常简单，只需要知道简单的生物学过程就行，如果按照中文的记忆的话，很容易造成java和javascript,雷锋和雷峰塔的理解困局
总结
最后小结下
- forward和reverse只是人为的定义的方向
- 实际上基因的coding strand 在forward和reverse链上都有
- 所以，forward,reverse和sense，antisense是完全不相关的定义
- sense strand和antisense strand是针对基因而言，它既可以在forward strand，也可以在reverse strand
- 存储编码信息的是coding strand, sense strand, 它和转录出来的RNA序列一致(除了U)
- 和RNA聚合酶结合，生成RNA的是template strand, antisense strand
摒弃中文的依赖，你会发现非常简单！