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DRAGEN-GATK

说自己精通GATK???不存在的,GATK绝对是一个巨大的宝库,需要长时间去了解它,尤其是精准医疗领域,毕竟是金标准,能用GATK的绝不用其他的,能改GATK的,绝不改其他的,我就是这么封建迷信,哈哈!

所以没事刷一刷官网还是很有必要的,比如,官网提出未来会有一个DRAGEN-GATK,按照官方陈述,这并不是GATK5的别称,而是BROAD研究所和illumina团队共同主持的一个项目,旨在提高传统gatk的效率,比如比对步骤将会使用DRAGEN aligner来代替传统的bwa,HaplotypeCaller也会进行重构(但是好想没提及Mutec2),总之这看起来是一个非常牛逼的东西,而且依旧会是开源提供,所以作为GATK脑残死忠粉来说,已经迫不及待的开始期待使用了。

当然,DRAGEN项目还会有依赖硬件定制的版本,比如FPGA,CUDA之类的,但是这个BROAD说跟他们没关系,这是illumina商用的东西,所以不差钱的公司可以考虑一下,我们这种legacy就紧跟BROAD普罗大众的东西就好了,其他具体细节请自行参考官网

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